Windows 2000 Terminal Hizmetleri uygulama sunucusu modunda etkinleştirildiğinde bazı uygulamalar en iyi durumda çalışmak için değişiklikler gerektirir. Microsoft ve bu komut dizilerinin sağlayıcıları bir uygulamanın her bileşeninin bir terminal sunucuda doğru çalışması için ellerinden geleni yapmalarına karşın bazı sorunların çözülmesi için uygulamanın geliştiricisine başvurmak gerekebilir.
Lotus Notes 4.x Uygulama Sunucusu modunda Terminal Hizmetleri çalıştıran bir Windows 2000 Server'a kurulduğunda, uygulama, kurulum sonrası küçük değişiklikler gerektirir. Terminal Hizmetleri ile en iyi uyumluluk için Lotus Notes 4.x'in belirli bir yöntem kullanılarak kurulması gerekir. Bu kurulum yöntemi kullanıcıya özgü veriyi sistem geneline ait veriden doğru bir şekilde ayırır.