Windows 2000 Terminal Hizmetleri uygulama sunucusu modunda etkinleştirildiğinde bazı uygulamalar en iyi durumda çalışmak için değişiklikler yapılmasını gerektirir. Microsoft'un ve bu komut dizilerinin sağlayıcılarının, uygulamaların her bileşeninin terminal sunucularda doğru çalışması için ellerinden geleni yapmalarına karşın bazı sorunların çözülmesi için uygulamanın geliştiricisine başvurulması gerekebilir.
Eudora 4.0, Terminal Hizmetleri'ni Uygulama Sunucusu modunda çalıştıran bir Windows 2000 Server'a kurulduğunda uygulama, birden çok kullanıcıyı desteklemediğinden kurulum sonrası küçük değişiklikler gerektirmektedir. Bu güncelleştirme, yönetici olmayan kullanıcıların SmartSuite 9'u (Millennium Edition) kullanabilmesi ve ss9usr.cmd komut dizisini usrlogon.cmd'ye ekleyebilmesi için gerekli varsayılan kayıt defteri izinlerini değiştirmektedir.