Windows 2000 Terminal Hizmetleri uygulama sunucusu modunda etkinleştirildiğinde, bazı uygulamalar en iyi durumda çalışmak için ayar değişiklikleri yapılmasını gerektirir. Microsoft ve bu komut dizilerinin sağlayıcılarının, uygulamaların her bileşeninin terminal sunucularda doğru çalışması için ellerinden geleni yapmalarına karşın, bazı sorunların çözülmesi için uygulamanın geliştiricisine başvurulması gerekebilir.
Lotus SmartSuite 9.5, Terminal Hizmetleri'ni Uygulama Sunucusu modunda çalıştıran bir Windows 2000 Server'a kurulduğunda uygulama, birden çok kullanıcıyı desteklemediğinden kurulum sonrası küçük değişiklikler gerektirmektedir. Bu güncelleştirme, yönetici olmayan kullanıcıların SmartSuite 9'u (Millennium Edition) kullanabilmesi ve ss9usr.cmd komut dizisini usrlogon.cmd'ye ekleyebilmesi için gerekli varsayılan kayıt defteri izinlerini değiştirmektedir.
Not Lotus SmartSuite 9'u Windows NT 4.0 Terminal Server Edition üzerine kurduysanız ve Terminal Hizmetleri olan Windows 2000'e yükselttiyseniz Lotus SmartSuite'u kaldırıp Windows 2000'de yeniden kurmanız, sonra da SSuite9.cmd komut dizisini çalıştırmanız gerekir. Bunun nedeni, Windows 2000'de uygulama uyumluluk komut dizilerinin her kullanıcı için bir SmartSuite düğümü kurulumu gerektirmemesidir.