När Windows 2000 Terminal Services är i applikationsserverläge måste man göra om vissa inställningar i tillämpningen för att den ska fungera optimalt. Microsoft och leverantörerna av skripten gör sitt yttersta för att säkerställa att alla tillämpningskomponeneter fungerar på terminalservrar. För att lösa vissa problem kan man dock bli tvungen att kontakta utvecklaren av tillämpningen.
När Lotus Notes 4.x installeras på en Windows 2000 Server med Terminal Services i applikationsserverläge måste man ändra några inställningar i tillämpningen när man har installerat den. Lotus Notes 4.x måste installeras på ett särskilt sätt för att programmet ska fungera optimalt med Terminal Services. Installationsmetoden skiljer användardata från systemdata.