När Windows 2000 Terminal Services är i applikationsserverläge måste man göra om vissa inställningar i tillämpningen för att den ska fungera optimalt. Microsoft och leverantörerna av skripten gör sitt yttersta för att säkerställa att alla tillämpningskomponeneter fungerar på terminalservrar. För vissa problem kan man dock bli tvungen att kontakta utvecklaren av tillämpningen.
När Eudora 4.0 installeras på en Windows 2000-server som kör Terminal Services i applikationsserverläge måste man ändra några inställningar, eftersom Eudora 4.0 inte har stöd för flera användare. Den här uppdateringen ändrar registreringstillstånden som behövs för användare som inte är administratörer, så att de kan köra SmartSuite 9 (Millennium Edition) och lägga till skriptet ss9usr.cmd i usrlogon.cmd.