Quando o Windows 2000 Terminal Services está activado no modo de servidor de aplicações, é necessário fazer alterações à configuração de algumas aplicações para que estas funcionem correctamente. Apesar da Microsoft e do fornecedor desses scripts procurarem assegurar que todos os componentes de uma aplicação funcionem correctamente num servidor terminal, é possível que seja necessário contactar o criador da aplicação para resolver certos problemas.
Quando o Lotus Notes 4.x está instalado num Windows 2000 Server com o Terminal Services no modo de servidor de aplicações, é necessário fazer pequenas alterações à aplicação após a instalação. Para que a compatibilidade com o Terminal Services seja perfeita, o Lotus Notes 4.x deve ser instalado seguindo um determinado método. Esse método de instalação permite separar correctamente os dados de cada utilizador dos dados relativos ao sistema em geral.