Quando o Windows 2000 Terminal Services está activado no modo de servidor de aplicações, é necessário fazer alterações à configuração de algumas aplicações para que estas funcionem correctamente. Apesar da Microsoft e do fornecedor desses scripts procurarem assegurar que todos os componentes de uma aplicação funcionem correctamente num servidor terminal, é possível que seja necessário contactar o criador da aplicação para resolver certos problemas.
Quando o Eudora 4.0 está instalado num Windows 2000 Server com o Terminal Services no modo de servidor de aplicações, é necessário fazer pequenas alterações à aplicação após a instalação, porque o Eudora 4.0 não suporta vários utilizadores. Esta actualização vai alterar as permissões predefinidas do registo necessárias para que utilizadores não-administradores possam utilizar o SmartSuite 9 (Millennium Edition) e adicionar o script ss9usr.cmd ao usrlogon.cmd.