Når Windows 2000 Terminal Services er aktivert i programservermodus, er det enkelte programmer som krever endringer i konfigurasjonen for at de skal fungere optimalt. Microsoft og skriptleverandøren gjør alt de kan for å sikre at alle komponenter i et program virker på riktig måte på en terminalserver. Det kan likevel være nødvendig å kontakte programutvikleren for å løse enkelte problemer.
Når Lotus Notes 4.x installeres på en Windows 2000-server som kjører Terminal Services i programservermodus, må det utføres mindre endringer i programmet etter installasjonen. Lotus Notes 4.x må installeres på en bestemt måte for at det skal være mest mulig kompatibelt med Terminal Services. Denne installasjonsmetoden skiller brukerspesifikke data fra globale data på riktig måte.