Når Windows 2000 Terminal Services er aktivert i programservermodus, er det enkelte programmer som krever endringer i konfigurasjonen for at de skal fungere optimalt. Microsoft og skriptleverandøren gjør alt de kan for å sikre at alle komponenter i et program virker på riktig måte på en terminalserver. Det kan likevel være nødvendig å kontakte programutvikleren for å løse enkelte problemer.
Når Eudora 4.0 installeres på Windows 2000 Server som kjører Terminal Services i programservermodus, må det utføres mindre endringer i Eudora 4.0, ettersom programmet ikke har støtte for flere brukere. Denne oppdateringen endrer hvilke registertillatelser som kreves som standard for brukere som ikke har administratortilgang, slik at disse kan kjøre SmartSuite 9 (Millennium Edition) og legge til skriptet ss9usr.cmd i usrlogon.cmd.