Wanneer Terminal Services van Windows 2000 actief is in de toepassingsservermodus, werken bepaalde toepassingen alleen optimaal als de instellingen ervan worden gewijzigd. Microsoft en de verstrekker van deze scripts doen er alles aan om ervoor te zorgen dat elke component van een toepassing correct werkt op een terminalserver. Toch kan het nodig zijn contact op te nemen met de ontwikkelaar van de toepassing om bepaalde problemen op te lossen.
Wanneer Lotus Notes 4.x wordt geïnstalleerd op een Windows 2000 Server waarop Terminal Services wordt uitgevoerd in de toepassingsservermodus, moet de toepassing na installatie op enkele kleine punten worden gewijzigd. Voor optimale compatibiliteit met Terminal Services moet Lotus Notes 4.x worden geïnstalleerd volgens een specifieke methode. Deze installatiemethode zorgt voor een correcte scheiding tussen gebruikersgebonden en systeemoverkoepelende gegevens.