Windows 2000 터미널 서비스를 응용 프로그램 서버 모드에서 사용할 경우 일부 응용 프로그램에서는 설치 프로그램을 수정해야 최적으로 작동합니다. Microsoft와 해당 스크립트의 공급자는 응용 프로그램의 모든 구성 요소가 터미널 서버에서 제대로 작동되도록 노력하고 있습니다. 그러나 특정 문제를 해결하려면 응용 프로그램 개발자에게 문의해야 할 수도 있습니다.
응용 프로그램 서버 모드에서 터미널 서비스를 실행하는 Windows 2000 Server에 Lotus Notes 4.x를 설치한 경우 설치한 후 응용 프로그램을 부분적으로 변경해야 합니다. 터미널 서비스와 호환되도록 하려면 특정 방법을 사용하여 Lotus Notes 4.x를 설치해야 합니다. 이 설치 방법을 사용하면 시스템 전체 데이터와 사용자별 데이터를 분리할 수 있습니다.