Windows 2000 터미널 서비스를 응용 프로그램 서버 모드에서 사용할 경우 일부 응용 프로그램에서는 설치 프로그램을 수정해야 최적으로 작동합니다. Microsoft와 해당 스크립트의 공급자는 응용 프로그램의 모든 구성 요소가 터미널 서버에서 제대로 작동되도록 노력하고 있습니다. 그러나 특정 문제를 해결하려면 응용 프로그램 개발자에게 문의해야 할 수도 있습니다.
Eudora 4.0이 응용 프로그램 서버 모드에서 터미널 서비스를 실행 중인 Windows 2000 Server에 설치되어 있을 때 Eudora 4.0은 여러 사용자를 지원하지 않으므로 설치 후 해당 응용 프로그램에 사소한 변경이 필요합니다. 이 업데이트는 관리자가 아닌 사용자에 필요한 기본 레지스트리 권한을 변경하므로 관리자가 아닌 사용자는 SmartSuite 9(Millennium Edition)를 실행하고 ss9usr.cmd 스크립트를 usrlogon.cmd에 추가할 수 있습니다.