Quando Servizi terminal di Windows 2000 è abilitato in modalità server applicazioni, per garantire il corretto funzionamento di alcune applicazioni sono necessarie alcune modifiche di configurazione. Microsoft e il fornitore di questi script prendono tutte le misure necessarie per garantire che ogni componente di un'applicazione funzioni in modo corretto su un server Terminal; tuttavia, per risolvere alcuni problemi potrebbe essere necessario contattare lo sviluppatore dell'applicazione in questione.
Se Lotus Notes 4.x è installato su un computer Windows 2000 Server con Servizi terminal in modalità server applicazioni, al termine dell'installazione è necessario apportare alcune lievi modifiche di configurazione. Per garantire la massima compatibilità con Servizi terminal, è necessario installare Lotus Notes 4.x seguendo una procedura specifica. Questa procedura di installazione separa in modo corretto i dati relativi agli utenti dai dati di sistema.