Quando Servizi terminal di Windows 2000 è abilitato in modalità server applicazioni, per garantire il corretto funzionamento di alcune applicazioni sono necessarie alcune modifiche di configurazione. Microsoft e il fornitore di questi script prendono tutte le misure necessarie per garantire che ogni componente di un'applicazione funzioni in modo corretto su un server Terminal; tuttavia, per risolvere alcuni problemi potrebbe essere necessario contattare lo sviluppatore dell'applicazione in questione.
Quando Eudora 4.0 viene installato su un computer Windows 2000 Server con Servizi terminal in modalità server applicazioni, al termine dell'installazione è necessario apportare alcune lievi modifiche di configurazione perché Eudora 4.0 non ha il supporto per più utenti. Questo aggiornamento apporta delle modifiche alle impostazioni di autorizzazione predefinite del Registro di sistema in modo da consentire agli utenti, anche se non amministratori, di eseguire SmartSuite 9 (Millennium Edition) e aggiungere lo script ss9usr.cmd a usrlogon.cmd.