Ha alkalmazáskiszolgálói módban futnak a Windows 2000 terminálszolgáltatásai, vannak olyan alkalmazások, amelyek optimális működéséhez módosítani kell a beállításaikat. Bár a Microsoft és a parancsfájlok szállítója mindent megtesz, hogy az alkalmazások minden összetevője helyesen működjön terminálkiszolgálón is, előfordulhat, hogy bizonyos gondok megoldásához fel kell venni a kapcsolatot az alkalmazás fejlesztőjével.
Ha olyan Windows 2000 kiszolgálóra van telepítve a Power Builder 6.0, amelyen alkalmazáskiszolgálói módban futnak a terminálszolgáltatások, a telepítés után kisebb módosításokat kell végrehajtani rajta. A Power Builder 6.0 nem teszi lehetővé, hogy több felhasználó futtassa egyidejűleg a Power Builder 6.0 mappában található példakódokat.
Megjegyzés: Ha egy felhasználó bármiféle egyéni beállítást ad meg a Power Builder 6.0 programban, az a Power Builder 6.0 összes többi felhasználóját érinti.