Ha alkalmazáskiszolgálói módban futnak a Windows 2000 terminálszolgáltatásai, vannak olyan alkalmazások, amelyek optimális működéséhez módosítani kell a beállításaikat. Bár a Microsoft és a parancsfájlok szállítója mindent megtesz, hogy az alkalmazások minden összetevője helyesen működjön terminálkiszolgálón is, előfordulhat, hogy bizonyos gondok megoldásához fel kell venni a kapcsolatot az alkalmazás fejlesztőjével.
Ha olyan Windows 2000 Server rendszerre van telepítve a Lotus Notes 4.x, amelyen alkalmazáskiszolgálói módban futnak a terminálszolgáltatások, bizonyos módosításokat kell végrehajtani az alkalmazáson a telepítés után. Ezzel a telepítéssel helyesen elkülöníthetők egymástól a felhasználónkénti adatok az egész rendszerre érvényes adatoktól.