Ha alkalmazáskiszolgálói módban futnak a Windows 2000 terminálszolgáltatásai, vannak olyan alkalmazások, amelyek optimális működéséhez módosítani kell a beállításaikat. Bár a Microsoft és a parancsfájlok szállítója mindent megtesz, hogy az alkalmazások minden összetevője helyesen működjön terminálkiszolgálón is, előfordulhat, hogy bizonyos gondok megoldásához fel kell venni a kapcsolatot az alkalmazás fejlesztőjével.
Ha az Eudora 4.0 olyan Windows 2000 Server kiszolgálóra van telepítve, amelyen alkalmazáskiszolgálói módban futnak a terminálszolgáltatások, kisebb módosításokat kell végrehajtani rajta, mivel az Eudora 4.0 nem támogat több felhasználót. Ez a frissítés módosítja a rendszerleíró adatbázisban a nem rendszergazda felhasználók alapértelmezett engedélyeit, hogy futtathassák a SmartSuite 9 (Millennium Edition) programot, illetve hozzáadja a ss9usr.cmd parancsfájlt az usrlogon.cmd fájlhoz.