Ha alkalmazáskiszolgálói módban futnak a Windows 2000 terminálszolgáltatásai, vannak olyan alkalmazások, amelyek optimális működéséhez módosítani kell a beállításaikat. Bár a Microsoft és a parancsfájlok szállítója mindent megtesz, hogy az alkalmazások minden összetevője helyesen működjön terminálkiszolgálón is, előfordulhat, hogy bizonyos gondok megoldásához fel kell venni a kapcsolatot az alkalmazás fejlesztőjével.
Ha a Lotus SmartSuite 9.5 olyan Windows 2000 Server kiszolgálóra van telepítve, amelyen alkalmazáskiszolgálói módban futnak a terminálszolgáltatások, kisebb módosításokat kell végrehajtani rajta, mivel a Lotus SmartSuite 9.5 nem támogat több felhasználót. Ez a frissítés módosítja a rendszerleíró adatbázisban a nem rendszergazda felhasználók alapértelmezett engedélyeit, hogy futtathassák a SmartSuite 9 (Millennium Edition) programot, illetve hozzáadja a ss9usr.cmd parancsfájlt az usrlogon.cmd fájlhoz.
Megjegyzés: Ha eredetileg a Windows NT 4.0 Terminal Server Edition rendszerre telepítette a Lotus SmartSuite 9-es verzióját, és azután frissítette a rendszert terminálszolgáltatásokat futtató Windows 2000-re, először távolítsa el a Lotus SmartSuite programot, majd telepítse újra Windows 2000 alatt, és azután futtassa az SSuite9.cmd parancsfájlt. Ez azért szükséges, mert a Windows 2000 alkalmazáskompatibilitási parancsfájljai már nem követelik meg, hogy minden felhasználó számára külön SmartSuite-csomópontot telepítsen.