כששירותי מסופים של Windows זמינים ב- application server mode, נדרשים שינויי התקנה לחלק מהיישומים כדי שיפעלו בצורה אופטימלית. בעוד Microsoft וספק קבצי scripts אלה עושים כל מאמץ כדי לוודא שכל רכיב של היישום פועל נכון ב- terminal server, ייתכן שיתעורר הצורך לפנות למפתח היישום כדי לפתור בעיות מסוימות.
כאשר Lotus Notes 4.x מותקן ב- Windows 2000 Server המפעיל שירותי מסופים ב- Application Server mode, צריך לבצע ביישום שינויים מזעריים לאחר ההתקנה. יש להתקין את Lotus Notes 4.x באמצעות שיטה ספציפית לצורך תאימות טובה ביותר עם שירותי מסופים. שיטת התקנה זו מפרידה בצורה נכונה נתונים לפי משתמש מנתונים החלים על המערכת כולה.