כששירותי מסופים של Windows זמינים ב- application server mode, נדרשים שינויי התקנה לחלק מהיישומים כדי שיפעלו בצורה אופטימלית. בעוד Microsoft וספק קבצי scripts אלה עושים כל מאמץ כדי לוודא שכל רכיב של היישום פועל נכון ב- terminal server, ייתכן שיתעורר הצורך לפנות למפתח היישום כדי לפתור בעיות מסוימות.
כאשר Eudora 4.0 מותקן ב- Windows 2000 Server המפעיל שירותי מסופים ב- Application Server mode, צריך לבצע ביישום שינויים מזעריים לאחר ההתקנה היות ש- Eudora 4.0 לא תומך במשתמשים מרובים. עדכון זה משנה את הרשאות ברירת המחדל של הרישום שנדרשות למשתמשים שאינם מנהלי מערכות כך שיוכלו להפעיל את (SmartSuite 9 (Millennium Edition ולהוסיף את ה-ss9usr.cmd ל-usrlogon.cmd.