כששירותי מסופים של Windows זמינים ב- application server mode, נדרשים שינויי התקנה לחלק מהיישומים כדי שיפעלו בצורה אופטימלית. בעוד Microsoft וספק קבצי scripts אלה עושים כל מאמץ כדי לוודא שכל רכיב של היישום פועל נכון ב- terminal server, ייתכן שיתעורר הצורך לפנות למפתח היישום כדי לפתור בעיות מסוימות.
כאשר Lotus SmartSuite 9.5 מותקן ב- Windows 2000 Server המפעיל שירותי מסופים ב- Application Server mode, צריך לבצע ביישום שינויים מזעריים לאחר ההתקנה היות ש- Lotus SmartSuite 9.5 לא תומך במשתמשים מרובים. עדכון זה משנה את הרשאות ברירת המחדל של הרישום שנדרשות למשתמשים שאינם מנהלי מערכות כך שיוכלו להפעיל את (SmartSuite 9 (Millennium Edition ולהוסיף את ה-ss9usr.cmd ל-usrlogon.cmd.
הערה אם התקנת את Lotus SmartSuite 9 על Windows NT 4.0 Terminal Server Edition ושדרגת ל- Windows 2000 עם שירותי מסופים, עליך להסיר את התקנת Lotus SmartSuite ולשוב והתקין אותו ב- Windows 2000 ולאחר מכן להפעיל את קובץ ה- SSuite9.cmd script. הסיבה לכך היא שכעת, קבצי ה- scripts לתאימות היישום ב- Win2000 אינם זקוקים יותר לביצוע התקנת צומת SmartSuite עבור כל משתמש.