Kun Windows 2000 -päätepalvelut ovat käytössä sovelluspalvelintilassa, jotkin sovellukset vaativat, että asetusten muokkaukset toimivat parhaalla mahdollisella tavalla. Microsoft ja näiden komentojonojen tuottaja tekevät parhaansa varmistaakseen, että kaikki sovellusten komponentit toimivat oikein päätepalvelimessa. On kuitenkin ehkä tarpeen ottaa yhteys sovelluksen kehittäjään, jotta kaikki ongelmat saadaan ratkaistua.
Kun Lotus Notes 4.x -ohjelma on asennettu Windows 2000 Server -järjestelmään, jossa on sovelluspalvelintilassa toimivat päätepalvelut, sovellusta on hieman muutettava asennuksen jälkeen. Lotus Notes 4.x on asennettava tietyllä tavalla, jotta voidaan varmistaa paras mahdollinen yhteensopivuus päätepalvelujen kanssa. Tämä asennustapa on hyvä, koska se erottelee käyttäjäkohtaiset tiedot koko järjestelmää koskevista tiedoista.