Kun Windows 2000 -päätepalvelut ovat käytössä sovelluspalvelintilassa, jotkin sovellukset vaativat, että asetusten muokkaukset toimivat parhaalla mahdollisella tavalla. Microsoft ja näiden komentojonojen tuottaja tekevät parhaansa varmistaakseen, että kaikki sovellusten komponentit toimivat oikein päätepalvelimessa. On kuitenkin ehkä tarpeen ottaa yhteys sovelluksen kehittäjään, jotta kaikki ongelmat saadaan ratkaistua.
Kun Eudora 4.0 -ohjelma on asennettu Windows 2000 Server -järjestelmään, jossa on sovelluspalvelintilassa toimivat päätepalvelut, sovellusta on hieman muutettava asentamisen jälkeen. Tämä johtuu siitä, että Eudora 4.0 ei tue useita käyttäjiä. Tämä päivitys muuttaa muiden kuin järjestelmänvalvojien rekisterin oletuskäyttöoikeuksia, jotta käyttäjät voivat suorittaa SmartSuite 9 (Millennium Edition) -ohjelman ja lisätä ss9usr.cmd-komentojonon usrlogon.cmd-tiedostoon.