Όταν είναι ενεργοποιημένες οι υπηρεσίες Terminal Services των Windows 2000 σε κατάσταση λειτουργίας διακομιστή εφαρμογών, ορισμένες εφαρμογές απαιτούν τροποποιήσεις στην εγκατάστασή τους ώστε να λειτουργήσουν με τον καλύτερο δυνατό τρόπο. Παρόλο που η Microsoft και οι παροχείς αυτών των δεσμών ενεργειών κάνουν όλες τις απαραίτητες ενέργειες ώστε να διασφαλίσουν τη σωστή λειτουργία κάθε στοιχείου σε ένα Terminal Server, ίσως χρειαστεί επικοινωνία με την εταιρεία ανάπτυξης της εφαρμογής για να επιλυθούν ορισμένα θέματα.
Όταν το Lotus SmartSuite 9.5 εγκαθίσταται σε έναν υπολογιστή με λειτουργικό σύστημα Windows 2000 Server που χρησιμοποιεί τις υπηρεσίες Terminal Services σε κατάσταση λειτουργίας διακομιστή εφαρμογών, η εφαρμογή απαιτεί κάποιες μικρές αλλαγές μετά την εγκατάστασή της, γιατί το Lotus SmartSuite 9.5 δεν υποστηρίζει πολλαπλούς χρήστες. Αυτή η ενημερωμένη έκδοση αλλάζει τα προεπιλεγμένα απαραίτητα δικαιώματα για το μητρώο όσων χρηστών δεν είναι διαχειριστές, ώστε να μπορούν να χρησιμοποιούν το SmartSuite 9 (Millennium Edition) και προσθέτει τη δέσμη ss9usr.cmd στο αρχείο usrlogon.cmd.
Σημείωση Εάν εγκαταστήσατε το Lotus SmartSuite 9 σε υπολογιστή με λειτουργικό σύστημα Windows NT 4.0 Terminal Server Edition και στη συνέχεια κάνατε αναβάθμιση σε Windows 2000 με τις υπηρεσίες Terminal Services, πρέπει να καταργήσετε την εγκατάσταση του Lotus SmartSuite, να την επαναλάβετε στο λειτουργικό σύστημα Windows 2000 και στη συνέχεια να εκτελέσετε τη δέσμη ενεργειών SSuite9.cmd. Αυτό είναι απαραίτητο γιατί οι δέσμες ενεργειών συμβατότητας εφαρμογών των Win2000 δεν απαιτούν πλέον να κάνετε μία κομβική εγκατάσταση του SmartSuite για κάθε χρήστη.