Pokud je povolena služba Terminal Services systému Windows 2000 v režimu aplikačního serveru, některé aplikace vyžadují pro optimální práci úpravy nastavení. Ačkoli společnost Microsoft a dodavatel těchto skriptů dělají vše pro to, aby každá součást aplikace na terminálovém serveru pracovala správně, může být pro vyřešení určitých problémů někdy nutné obrátit se na výrobce dané aplikace.
Pokud je v systému Windows 2000 Server, ve kterém je spuštěna služba Terminal Services v režimu aplikačního serveru, instalována aplikace Lotus Notes 4.x, vyžaduje tato aplikace po instalaci drobné změny. Aplikaci Lotus Notes 4.x je nutné instalovat určitým způsobem, aby se dosáhlo optimální kompatibility se službou Terminal Services. Tento způsob instalace správně odděluje data specifická pro jednotlivé uživatele od dat platných pro celý systém.