Pokud je povolena služba Terminal Services systému Windows 2000 v režimu aplikačního serveru, některé aplikace vyžadují pro optimální práci úpravy nastavení. Ačkoli společnost Microsoft a dodavatel těchto skriptů dělají vše pro to, aby každá součást aplikace na terminálovém serveru pracovala správně, může být pro vyřešení určitých problémů někdy nutné obrátit se na výrobce dané aplikace.
Pokud je v systému Windows 2000 Server, kde je spuštěna služba Terminal Services v režimu aplikačního serveru, instalována aplikace Eudora 4.0, vyžaduje tato aplikace po instalaci drobné změny. Je to proto, že aplikace Eudora 4.0 nepodporuje více uživatelů. Tato aktualizace změní výchozí oprávnění v registru, které je nutné pro to, aby uživatel, který není správce, mohl spustit aplikaci SmartSuite 9 (Millennium Edition) a přidat skript ss9usr.cmd ke skriptu usrlogon.cmd.