Pokud je povolena služba Terminal Services systému Windows 2000 v režimu aplikačního serveru, některé aplikace vyžadují pro optimální práci úpravy nastavení. Ačkoli společnost Microsoft a dodavatel těchto skriptů dělají vše pro to, aby každá součást aplikace na terminálovém serveru pracovala správně, může být pro vyřešení určitých problémů někdy nutné obrátit se na výrobce dané aplikace.
Pokud je v systému Windows 2000 Server, kde je spuštěna služba Terminal Services v režimu aplikačního serveru, instalována aplikace Lotus SmartSuite 9.5, vyžaduje tato aplikace po instalaci drobné změny. Je to proto, že aplikace Lotus SmartSuite 9.5 nepodporuje více uživatelů. Tato aktualizace změní výchozí oprávnění v registru, které je nutné pro to, aby uživatel, který není správce, mohl spustit aplikaci SmartSuite 9 (Millennium Edition) a přidat skript ss9usr.cmd ke skriptu usrlogon.cmd.
Poznámka: Pokud jste instalovali aplikaci Lotus SmartSuite 9 do systému Windows NT 4.0 Terminal Server Edition a provedli inovaci na systém Windows 2000 se službou Terminal Services, měli byste aplikaci Lotus SmartSuite odinstalovat a znovu nainstalovat do systému Windows 2000 a poté spustit skript SSuite9.cmd. Je to proto, že skripty pro kompatibilitu aplikací v systému Windows 2000 již nevyžadují instalaci uzlu SmartSuite pro každého uživatele.